Dans une petite ville du Kyushu, au Japon, Suzume, 17 ans, rencontre un homme qui affirme être à la recherche d'une porte. Elle le suit dans son périple à travers les montagnes et découvre une porte trônant au milieu de ruines. Cédant à une pulsion, elle tourne la poignée. C'est alors que d'autres portes s'ouvrent aux quatre coins de l'archipel.