Vers 1600, le capitaine anglais John Blackthorne s'échoue avec son navire l'Erasme sur les côtes japonaises. Fait prisonnier par des samouraïs locaux, il découvre une civilisation à la fois féroce et policée, raffinée, érotique, fascinée par la mort, où règne en maître le Shogun. Parvenu à gagner le respect de Toranaga, il est élevé au rang d'hatamoto. Mais une guerre s'annonce.