Le sergent Keroro, une grenouille verte extraterrestre, constitue l'avant-garde de l'invasion de la Terre par son peuple. Il doit d'abord convaincre la famille Hinata, qui l'a recueilli, du sérieux de cette invasion, ce qui n'est pas sans difficulté. De leur côté, les frère et soeur Fuyuki et Natsumi Hinata ont beaucoup de mal à éviter les catastrophes provoquées par Keroro.