Libéré de son tutoriel, Jake découvre une Terre transformée, entre merveilles aériennes et dangers souterrains. Mais son exploration est perturbée par les conflits autour du Pylône de civilisation. Entre combats contre des ennemis de toutes sortes et défense des plus faibles, chaque épreuve le rapproche du rang D. Pendant ce temps, la Vipère maléfique étend son empire par la violence.