Dans les années 1910, Kodô Iwamoto est élève au collège Seihô, un établissement sous la tutelle de l'armée. Sur ordre de sa hiérarchie, il se rend dans tout le Japon pour enquêter sur des phénomènes surnaturels. Dans un village où tombe une étrange neige noire, il rencontre Shizuma, un adolescent aux dons particuliers.