Tombée sous la coupe de l'empire des Machines, l'humanité est classée en fonction de ses capacités. Hanamiya, héritière du trône de l'ancien empire de Einheit, s'associe aux orphelins de rang F dans l'espoir de lancer une grande rébellion. Le death genesis drive pourrait bien être le dernier espoir des hommes pour se libérer de cette oppression.